Haruyuki Arita adalah anak sekolah yang kelebihan berat badan dan diganggu yang menemukan hiburan dalam bermain game online. Tapi hidupnya berubah drastis suatu hari, ketika dia menemukan bahwa semua nilai tinggi telah diunggulkan oleh Kuroyukihime, wakil presiden dewan murid yang populer. Dia kemudian mengajaknya ke ruang siswa dan mengenalkannya pada “Brain Burst,” sebuah program yang memungkinkan pengguna mempercepat gelombang otak mereka sampai pada titik di mana waktu sepertinya berhenti. Brain Burst juga berfungsi sebagai permainan pertarungan realitas yang ditambah, dan untuk mendapatkan lebih banyak poin untuk dipercepat, pengguna harus memenangkan duel melawan pemain lain. Namun, jika pengguna kehilangan semua poin mereka, mereka juga akan kehilangan akses ke Brain Burst selamanya.

Kuroyukihime menjelaskan bahwa dia memilih untuk menunjukkan kepada Haruyuki program tersebut karena dia membutuhkan pertolongannya. Dia ingin bertemu dengan pencipta Brain Burst dan mengungkap alasan mengapa hal itu diciptakan, tapi itu lebih mudah diucapkan daripada dilakukan; Untuk melakukannya, dia harus mengalahkan “Enam Raja Warna Murni,” pemimpin faksi yang kuat dalam permainan, dan mencapai tingkat 10, tingkat tertinggi yang dapat dicapai. Setelah gadis tersebut membantu Haruyuki mengatasi pengganggu yang menyiksanya, dia bersumpah untuk membantunya mewujudkan tujuannya, dan kemudian memulai pertarungan duo ini untuk mencapai puncak.