Sebagai seorang bocah lelaki dari keluarga bangsawan di Amawakuni, Arata selalu berharap untuk membuat hidupnya sendiri — sampai kabar tentang putri yang semakin lemah mencapai kotanya. Tanpa diketahui olehnya, neneknya telah mengklaimnya sebagai wanita saat lahir, dan sekarang, tanpa gadis lain untuk menggantikan sang putri dari klan matriarkal Hime, ia berada di barisan depan untuk tahta! Menyamar sebagai seorang wanita yang menunggu pengganti untuk ditemukan, Arata menyaksikan upaya pembunuhan terhadap sang putri oleh yang tidak lain adalah pengawalnya sendiri, 12 Shinsho. Kejahatan itu tertancap di kepalanya, memaksa Arata melarikan diri ke hutan Kando, di mana dikatakan bahwa tidak ada yang keluar dengan cara yang sama.

Sementara itu, di Jepang modern, Arata Hinohara merindukan pelarian dari kekejaman teman-teman sekelasnya. Mendengar namanya dipanggil dari sebuah gang, ia mengembara dari jalannya dan tanpa sadar beralih alam semesta dengan Arata dari Amawakuni. Dengan kekuatannya sendiri sebagai “Sho” yang baru terbangun – seorang pejuang yang mampu menggunakan Hayagami, senjata dengan kekuatan para dewa – dan bantuan teman-temannya yang ia temui di sepanjang perjalanannya, Hinohara memutuskan untuk memulihkan ketertiban di dunia baru ini.