Dahulu kala, sebuah bencana epik, yang dikenal sebagai Invertia, menyebabkan perubahan menyeluruh dalam keseimbangan kekuatan dunia. Pada tahun-tahun setelah bencana ini, sebuah kelompok yang dikenal sebagai Integrated Enterprise Foundation naik ke tampuk kekuasaan. Selain perubahan besar ini, generasi baru manusia yang lahir dengan keterampilan fisik luar biasa yang dikenal sebagai Genestella juga muncul dan bergabung dengan barisan kemanusiaan.

Gakusen Toshi Asterisk mengikuti kisah Ayato Amagiri, seorang siswa yang baru saja pindah ke salah satu dari enam sekolah paling elit untuk siswa Genestella di dunia — Seidoukan Academy — di mana para siswa belajar untuk mengendalikan kekuatan mereka dan berduel satu sama lain dalam pertempuran hiburan yang dikenal sebagai festas. Sayangnya, Ayato memulai dengan kasar. Ketika mencoba mengembalikan saputangan yang hilang ke teman sekelas perempuan, dia secara tidak sengaja melihat perubahan yang menyebabkannya menantangnya untuk berduel. Apa yang kebanyakan orang tidak menyadari bagaimanapun, adalah bahwa Ayato tidak memiliki minat nyata dalam festival dan sebaliknya memiliki motif alternatif untuk bergabung dengan sekolah bergengsi ini. Apa rahasia besar Ayato? Akankah dia mampu memperta