Seiken Tsukai no World Break berlangsung di Akane Private Academy di mana siswa yang memiliki kenangan kehidupan mereka sebelumnya dilatih untuk menggunakan Seni Leluhur sehingga mereka dapat berfungsi sebagai pembela melawan monster, yang disebut Metafisik, yang secara acak menyerang. Dikenal sebagai penyelamat, para siswa dibagi menjadi dua kategori: kurogane yang mampu menggunakan prana mereka untuk memanggil senjata ofensif dan kuroma yang mampu menggunakan sihir.

Cerita dimulai enam bulan sebelum klimaks utama dari seri selama upacara pembukaan pada hari pertama tahun ajaran. Setelah upacara berakhir, karakter utama, Moroha Haimura, bertemu dengan seorang gadis bernama Satsuki Ranjou yang mengungkapkan bahwa dia adalah adik perempuan Moroha di kehidupan masa lalu di mana Moroha adalah pangeran heroik yang mampu membunuh seluruh pasukan dengan keterampilan pedangnya. Segera setelah itu ia bertemu gadis lain, Shizuno Urushibara, yang akhirnya mengungkapkan bahwa ia juga tahu Moroha di kehidupan masa lalu yang sama sekali berbeda di mana ia adalah tuan gelap yang mampu menggunakan sihir merusak tetapi menyelamatkannya dari kehidupan perbudakan. Dapatkah mereka yang pikirannya hidup di masa sekarang dan masa lalu benar-benar mencapai masa depan yang cerah? Jelajahi dunia rumit Seiken Tsukai no World Break untuk mencari tahu!