Sihir Onmyoudou dulunya adalah teknik kuat yang digunakan oleh Jepang selama Perang Dunia kedua agar mereka mendapatkan tangan atas dan membangun negara mereka sebagai kekuatan yang tangguh. Tapi Jepang dengan cepat dikalahkan setelah dihormati pada Myouji Yakou Tsuchimikado yang menyebabkan “Bencana Spiritual Besar”, sebuah peristiwa yang melanda Tokyo hingga hari ini. Sebagai akibat dari kecelakaan ini, Badan Onmyou didirikan untuk mengusir bencana spiritual lebih lanjut dan memerangi iblis yang akan membuat jalan mereka ke dunia.

Sekarang, Onmyoudou telah menjadi jauh lebih modern, disederhanakan, dan disempurnakan untuk digunakan dalam berbagai macam aplikasi seperti kedokteran dan teknologi. Namun, tidak semua orang mampu memanfaatkan sihir, seperti halnya dengan Harutora, anggota keluarga cabang Tsuchimikado. Meskipun ada janji lama untuk melindungi Natsume, pewaris keluarga utama Tsuchimikado dan reinkarnasi Yakou, sebagai familiarnya, Harutora tidak memiliki bakat dan memilih untuk menjalani kehidupan normal sebagai gantinya. Tetapi ketika seorang anggota yang menonjol dari Badan Onmyou mencoba untuk menciptakan kembali eksperimen yang sama yang menyebabkan kejatuhan Jepang, dia memutuskan untuk melakukan yang baik pada perkataannya dan bertarung dengan pihak Natsume.